Theo các nhà nghiên cứu, đây là bầy dơi đông đảo nhất thế giới, điều mà các viên chức Viện Bảo Tàng quan tâm trong khi cân nhắc thế quân bình giữa truyền thống văn hoá và yếu tố môi trường. Bầy dơi hàng triệu con hiện là trung tâm của cuộc tranh cãi, giữa 1 phe muốn duy trì nguyên trạng, và 1 phe cho rằng sự tồn tại của bầy dơi là phiền hà và bất lợi.
Dơi ăn muỗi, và thải ra hàng tấn phân, thu lợi hàng tháng trị giá 250 MK cho cơ sở, nhưng cũng giết các loại côn trùng hữu ich và hàng ngày nhân viên Viện Bảo Tàng phải quét dọn 5 hay 6 lần mỗi ngày. Hơn nữa, khi có mưa, phân dơi acid-hoá, tác hại vào các cổ vật, và sau cùng mùi phân dơi cũng khiến 1 thành phần du khach xa lánh.
Cách đây 2 năm bầy dơi 2 triệu con cũng là nguyên nhân khiến chính phủ Nhật từ chối yêu cầu trang bị hệ thống đèn và dụng cụ thính thị cho Viện Bảo Tàng này.
